Klosterkirken i Horsens er som navnet angiver levn af et kloster, opført på den ejendom, som herremanden, ridder Niels af Barritskov i 1261 skænkede til et samfund af franciskanermunke. Gennem middelalderen blev klosteret og den tilhørende kirke udvidet og ombygget adskillige gange, og ved munkenes fordrivelse 1532 stod klosteret som et stateligt firfløjet anlæg med udløber mod havnen langs den nu tildækkede å. Mindre end 100 år efter Reformationen var hovedparten af klosterbygningerne imidlertid nedrevet til grunden, kun kirken bevaredes som byens sognekirke – en funktion, den beholdt til 1794, da man flyttede til kirken ved torvet, dvs. Vor Frelsers Kirke. Klosterkirken degraderes til begravelseskirke (en tid fungerede den tilmed som krudtmagasin!); men 1904, 10 år efter en gennemgribende restaurering, fik den atter sognekirkefunktion.

Den kirke, som i dag møder den besøgende, er en smuk og meget regelmæssig gotisk bygning; men kun få tænker formentlig over, at dette næsten ’modelagtige’ præg skyldes en særdeles hårdhændet restaurering 1888-92. Den ledende arkitekt, professor H. B. Storck, havde nogle år forinden stået for den udvendige restaurering af Vor Frelsers Kirke, og han udarbejdede nu et projekt til istandsættelse af den forfaldne Klosterkirke. Hans erklærede mål var at fuldende en o. 1350 påbegyndt ombygning, som dog kun for korets vedkommende var blevet gjort færdig, mens det i skibet påbegyndte stod som en torso, kun synlig fra loftsrummene. Med stor konsekvens og teknisk dygtighed gennemførte Storck sit forehavende, som indebar en næsten fuldstændig ombygning af kirkens skib. Det er i øvrigt tankevækkende, at hans ’genskabelse’ af det opgivne middelalderprojekt hviler på en fejlagtig tolkning af bygningshistorien – og at han må have vidst det!
Dette og meget, meget mere har redaktionen af Danmarks Kirker redegjort for i analysen af klosterkirkens komplicerede bygningshistorie, som er undersøgt af redaktørerne Hugo Johannsen og Mogens Vedsø. De har samarbejdet med middelalderarkæologen, lektor Hans Krongaard Kristensen fra Århus Universitet, som 1999-2001 ledede en række udgravninger på kirkegården syd og vest for kirken, hvorved det forsvundne klosters omfang og forbindelse med kirken blev klarlagt. Disse undersøgelser vil dog først blive publiceret i en selvstændig publikation om Horsens Franciskanerkloster

Beskrivelsen kan nu med langt større præcision end tidligere afdække den middelalderlige kirkes udvikling fra 1200’ernes énskibede, simple teglstensbygning i pagt med tiggermunkenes fattigdomsidealer, videre til den fornemme højgotiske ombygning (o.1350), som Storck ville fuldføre (men fejlfortolkede), til senmiddelalderens udbygning med sideskib mod nord, klostergang på sydsiden og endelig en forlængelse mod vest. Men også den senere udvikling, som ellers tidligere blev vurderet så negativt, behandles i Kirkeværket som interessante og værdifulde kapitler af kirkens historie. Det gælder ikke mindst den gennemgribende istandsættelse og modernisering, som byens store matador, Gerhard Hansen de Lichtenberg, forestod i årene efter 1736, Reformationens 200-års jubilæum. Den bygningsmæssige del af hans storslåede initiativ genskabes nu på papiret, mens det heldigvis er bevaret for inventarets vedkommende. Det må siges til Storcks ros, at det værdifulde i dette havde han dog sans for i modsætning til de lokale kirkelige myndigheder, der gerne havde set stoleværket med den rige udsmykning af emblemer kasseret.

Kirkerummets indretning og inventarets forvandling gennem århundreder følges på samme måde i detaljer af redaktørerne Birgitte Bøggild Johannsen og Rikke Ilsted Kristiansen. Den senmiddelalderlige møblering af koret, der er det eneste velbevarede eksempel her hjemme på et veludstyret interiør fra en gråbrødreklosterkirke, er udførligt omtalt. Danmarks Kirker kan nu påvise, at den tidligere femfløjede altertavle stadig har bevaret sine oprindelige middelalderlige yderfløje og bagklædningen af de tilsvarende inderfløje. Disse dele, som blev overmalet med bibelske billeder i 1706, findes på Horsens Museum, hvor man dog ikke tidligere har været opmærksom på sammenhængen.

På museet findes også rygpaneler fra de middelalderlige korstole, der har været længere end den række af stole, der endnu findes i koret. Også fra de efterfølgende århundreder er bevaret meget. Horsens Klosterkirke er med Storcks egne ord 'ualmindelig rig på gammelt inventar'. Og takket være Danmarks Kirkers undersøgelser kan føjes endnu mere til. Det er nemlig lykkedes at rekonstruere flere genstande, der fjernedes ved den store restaurering o. 1890 og siden af omveje - for en dels vedkommende - kom til Horsens Museum. Det drejer sig bl.a. om de gamle skriftestole, fem lukkede herskabsstole fra kirkens syd- og nordside, et pulpitur og et vindfang, alt sammen rigt udsmykket med indskrifter og malerier, flere sandsynligvis af Gerhard de Lichtenbergs hofmaler, Mogens Christian Thrane og hans værksted.

Men Thranes hovedværk kan stadig beundres i kirken - de fascinerende stolestader, smykket med symbolske billeder og indskrifter, de såkaldte emblemer. Her er det lykkedes for Danmark Kirker at kigge maleren over skulderen og påvise, at en række af disse billeder er udført efter grafiske forlæg i en række andagtsbøger, som fandtes i de Lichtenbergs eget bibliotek.